Лютеранству в Томске более 250 лет. Первым пастором в Томске был Иван Богуславович Лойбе (Leube), он руководил общиной с 1751 по 1763 годы. Начиная с середины 18 века, вплоть до 1929 года, во главе общины всегда стояли пасторы, имевшие теологическое образование. Епархия Томск-Барнаул была образована в 1847 году, в 1905 году численность ее прихожан-лютеран составляла 5000 человек. Национальный состав: 2500 человек - немцы; 2000 - эстонцы; 500 - латыши.

Лютеранская община в Томске в 19 веке состояла, в основном, из ученых и предпринимателей. В середине столетия руководство общины ходатайствовало перед городскими властями о строительстве здания для Евангелическо-лютеранской церкви. К 1 августа 1857 года был составлен проект кирхи, а 4 июня 1859 года строительство здания Лютеранской церкви во имя св. Марии было закончено. Средства на строительство выделило Евангелическо-лютеранское общество России. Первым пастором в построенной кирхе был Август Карл-Генрих (с 1858 по 1877 годы). Церковь обрела свое место в центре города, недалеко от Соборной площади (территория современного Городского сада). С 1910 года улица между городским садом и лютеранской церковью стала именоваться Лютеранским переулком. В ноябре 1896 года по инициативе пастора лютеранской церкви Альфреда Келлера и с разрешения попечителя Западно-Сибирского учебного округа при церкви было открыто двухклассное начальное элементарное училище для детей-лютеран. В 1896 году рядом с лютеранским кладбищем (территория современного студенческого городка ТПУ) была заложена часовня, а с 1897 года здесь размещался приют для детей-сирот.

Здание Евангелическо-лютеранской церкви, подобно большинству томских православных храмов, постигла участь послереволюционного разрушения, а лютеране и их священники разделили судьбу преследуемых за веру христиан других конфессий. Последний пастор лютеранской церкви в Томске Иван Адольфович Локкенберг был предан суду в 1929 году. Все культовое имущество церкви реализовал городской финансовый отдел, здание стало использоваться для различных нужд, а после 1936 года оно перестало существовать.

Приход св. Марии зарегистрирован в Министерстве Юстиции РФ в 2004 году, однако его история началась в 1995 году, когда в Новосибирске, в приходе св. Андрея (Сибирской Евангелически-лютеранской церкви) были крещены и конфирмированы несколько томичей. С этого времени священники, приезжавшие из Новосибирска, стали регулярно проводить в Томске богослужения на русском языке. По инициативе прихожан, поддержанной социальной службой Томска, и при финансовой помощи одной из лютеранских церквей, находящихся в США, в 1998 году в Томске открылся «Приют странника» для бездомных. Его директором стала член общины Г. Владимирова.

В 1999 году для служения томской общине был поставлен диакон Андрей Иволга, получивший богословское образование в семинарии в Форт-Вейне (США, штат Индиана). Собственного помещения община не имела и для богослужений арендовала квартиры. В 2001 году отец Андрей был послан служить в Хакасию, а на его место в Томск поставлен Геннадий Артин, имевший высшее богословское образование и готовившийся к рукоположению в диаконы.

В Сибирь он приехал из Молдовы, чтобы получить высшее образование. После окончания физико-математического факультета Новосибирского государственного университета поступил в аспирантуру, но оставил карьеру ученого-физика и принял решение стать служителем церкви. В Новосибирске он был крещен в лютеранской церкви. Осенью 2002 году, после убийства Г. Артина на арендуемой томской общиной квартире, в Томск приехал один из первых выпускников Лютеранской богословской семинарии в Новосибирске Александр Ган. Во время учебы он проходил практику в Томске, и его хорошо знали прихожане. В 2002 году он был рукоположен в диаконы. В это время богослужения русскоязычной общины проходили в молитвенном доме немецкоязычной общины (ул. Лермонтова, 3). Так как отец Алксандр имеет немецкие корни и хорошо знает немецкий язык, он стал помогать немецкоязычной общине в проведении богослужений на родном языке.

Настоятелем прихода св. Марии был Всеволод Лыткин. Проживая в Новосибирске и будучи настоятелем еще нескольких приходов, он регулярно приезжал в Томск для совершения Евхаристии, крещений и конфирмаций. В 2006 году, когда церковь св. Марии совместно с немецкоязычной общиной получили новое здание церкви на территории Буфф-сада, в общину был назначен новый настоятель — отец Даниил Бурлаков (р. 3 декабря 1973 г., Томск). Закончил экономический факультет Новосибирского государственного университета. Вскоре после этого, в 1995 году, был рукоположен в сан диакона и служил в новосибирском приходе СЕЛЦ. С 1997 по 2000 годы учился в семинариях Новосибирска и Форт-Вейна. В 2001 году рукоположен в пасторы.

Церковь св. Марии как часть СЕЛЦ не является этнически ориентированной и исповедует консервативное богословие.

Большую роль в восстановлении исторической справедливости сыграла Администрация Томской области и города Томска. Архитектурный проект предусматривал восстановление здания церкви в максимально приближенном к изначальному виде. Однако имеются два существенных отличия: старая церковь располагалась в Лютеранском переулке, возле Соборной площади, а новая возведена на территории Буфф-сада (ул. Карташова, 2; старое здание было каменным, а новое - деревянное. Строительство здания в рекордно короткие сроки (около 3 месяцев) выполнило ООО «Стройленд». Быстрому возведению церкви способствовали и внешнеполитические обстоятельства. На 26-27 апреля 2006 г. в Томске были запланированы VIII российско-германские межправительственные консультации. Президент РФ В. Путин и канцлер Германии А. Меркель в сопровождении министров прибыли в Томск. А. Меркель родом из Восточной Германии, ее отец служил пастором в Евангелическо-лютеранской церкви.

Освящение церкви совершил епископ ЕЛЦ Европейской России З. Шпрингер. Кроме него в освящении участвовали служители ЕЛЦ Урала, Сибири и Дальнего Востока А. Крузе, М. Фендлер, Д. Гримсман. Со стороны СЕЛЦ в церемонии приняли участие настоятель церкви св. Марии В. Лыткин, избранный епископом, и диакон этого прихода А. Ган. На привезенном из Голландии органе играла органистка новосибирского прихода СЕЛЦ Н. Шелудякова. На освящении томской церкви присутствовали гости из др. лютеранских церквей: ЕЛЦ Ингрии, Лютеранской церкви Синод Миссури. Римско-католическую церковь представляли епископ Преображенской епархии в Новосибирске И. Верт, настоятель католического прихода в Томске священник А. Гсель и дир. Благотворительной организации «Каритас» сестра Е. Якубовиц. Со стороны Русской Православной Церкви присутствовал священник А. Классен, преподаватель Томской духовной семинарии. В числе гостей присутствовал чрезвычайный и полномочный посол Германии в РФ В. Шмидт.

Госпожа А. Меркель посетила восстановленное здание Евангелическо-лютеранской церкви св. Марии и встретилась с прихожанами. Новое здание посетили также министр иностранных дел Германии Ф.-В. Штайнмайер, министр, министр иностранных дел РФ С. Лавров, министр финансов РФ А. Кудрин и др. официальные лица.

С появлением нового храма жизнь в обеих общинах значительно оживилась. Каждое воскресенье служится Евхаристия. Проводятся занятия по изучению Библии, основам христианского вероучения. Органная музыка, по праву считающаяся одной из отличительных черт лютеранской традиции, звучит в церкви не только во время службы, но и на специально организуемых концертах, первый из них состоялся 18 августа 2006 года.