В 3 в. до н.э. появился водяной орган - гидравлос; его изобретение приписывается мастеру Ктесибию из Александрии. Гидравлос был мощным инструментом, в котором необходимое давление воздуха, поступавшего в трубы, поддерживалось столбом воды. Гидравлос использовался греками и римлянами на ипподромах, в цирках, а также для сопровождения языческих мистерий. Звук гидравлоса был необычайно сильным и пронзительным. В первые века христианства водяной насос был заменен воздушными мехами, что позволило увеличить размеры труб и их количество в органе.
Уже в середине 5 в. органы строились в испанских церквах, но, поскольку инструмент по-прежнему звучал очень громко, его использовали только в дни больших праздников. К 11 в. большие органы строились повсюду в Европе; необычайными размерами был известен, в частности, орган, построенный в 980 в Уинчестере (Англия). Постепенно клавиши заменили неуклюжие большие «пластины»; диапазон инструмента стал шире, регистры - разнообразнее. В это же время вошли в широкое употребление маленький переносной орган - портатив и миниатюрный стационарный орган - позитив.
17-18 вв. - «золотой век» органостроения и органного исполнительства. Органы этого времени отличались красотой и разнообразием звучания; исключительная тембровая ясность, прозрачность делала их превосходным инструментами для исполнения полифонической музыки. Почти все великие органные композиторы писали для «барочного органа», который имел большее распространение, нежели органы предшествующих и последующих периодов. Романтизм 19 в., с его стремлением к экспрессивному оркестровому звучанию оказал сомнительное влияние на органостроение и органную музыку; мастера пытались создать инструменты, являющие собой «оркестр для одного исполнителя», в результате же дело свелось к слабой имитации оркестра. Вместе с тем в 19 и 20 вв. в органе появилось много новых тембров, а также были сделаны существенные усовершенствования в конструкции инструмента. Тенденция к созданию все более крупных органов достигла кульминации в огромном, насчитывающем 33 112 трубы, органе в Атлантик-Сити (шт. Нью-Джерси). Этот инструмент имеет две кафедры, причем на одной из них - семь клавиатур. Несмотря на это, в 20 в. органисты и органостроители осознали необходимость возвращения к более простым и удобным типам инструмента.
Инструмент, развитие которого издревле связывалось с историей Западной церкви, смог утвердиться и в России. Как известно, орган, пришедший к нам из Византии, никогда не имел в России культового предназначения, у нас он был инструментом светским. Живейший интерес к органному искусству всегда проявлял царский двор, орган участвовал в так называемых «органных потехах», устанавливался в домах бояр. Так было и во времена царствования Петра Великого, когда между Россией и Западной Европой начали устанавливаться все более тесные отношения. В годы правления царя-реформатора органы строились по всей стране, прежде всего в лютеранских и католических храмах.
Во второй половине 17 в. орган входит в состав придворного театрального оркестра в Москве. Органистами служили музыканты из Польши, Нидерландов и др.стран. Им принадлежит большая заслуга в становлении органного искусства в России. В историю музыкальной культуры вошли такие имена как Готлиб Эйльгоф (Данило Немчин), Симон Гутовский, органостроитель Франц Киршник, композитор, органист и пианист Иоганн Вильгельм Гесслер и многие другие.